ศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ เกิดขึ้นจากการที่พระราชสุมนต์มุนี (ประยูร สนฺตงฺกุโร) ได้เดินทางไปดูกิจการพระพุทธศาสนาที่ประเทศอินเดีย เห็นกิจกรรมการจัดระเบียบการสอนศีลธรรมแก่เด็กและเยาวชนในลักษณะของโรงเรียนพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ของสมาคมมหาโพธิ์ ที่สารนาถ เมืองพาราณสี ได้ผลดีมาก เมื่อเดินทางกลับประเทศไทยจึงได้ดำริจัดตั้งโรงเรียนพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2504 ต่อมา พ.ศ. 2506 อาจารย์สุชีพ ปุญญานุภาพ ได้ปรารภไว้ว่า
สมเด็จพระญาณวโรดม (ประยูร สนฺตงฺกุโร)
( พ.ศ. 2500 เป็นพระราชาคณะชั้นราชที่ พระราชสุมนต์มุนี ตรีปิฎกลังการ อุดมสิกขภารธุราทร ยติคณิสสร บวรสังฆาราม คามวาสี )
“ครั้งแรกเมื่อปรึกษากันเพื่อจัดตั้งโรงเรียนพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ขึ้นนั้น เราได้กำหนดใจไว้ว่า ถ้ามีผู้มาเรียนเพียง 30 คน หรือ 50 คน ก็พอแล้ว เพราะเรื่องของศีลธรรมและศาสนาคงจะไม่มีใครสนใจเท่าไรนัก แต่เมื่อมาเปิดดำเนินการสอนแล้ว จำนวนนักเรียนได้ทวีขึ้นจากจำนวนหลายร้อยเป็นจำนวนสองพันเศษ จึงนับว่าน่าปิติยินดีอย่างยิ่งที่เยาวชนมีความสนใจใคร่รู้ในศีลธรรมและในพระพุทธศาสนาอย่างเห็นได้ชัด นอกจากนั้นทางโรงเรียนยังได้เปิดชั้นปีที่ 9 หรืออีกนัยหนึ่งชั้นมหาวิทยาลัยด้วย ปรากฏว่ามีนิสิตนักศึกษาจากมหาวิทยาลัยต่าง ๆ รวมทั้งจากสถาบันที่เทียบเท่ามหาวิทยาลัย ขอสมัครเข้าศึกษามากถึงขนาดต้องแยกห้องและต้องเพิ่มครูผู้สอน ข้อเท็จจริงที่ปรากฏนี้เป็นการตอบปัญหาส่วนรวมได้อย่างหนึ่งว่า เยาวชนของเรามีความโน้มเอียงในทางดีงามอย่างน่าชื่นใจอย่างยิ่ง ปัญหาต่อไปนี้คือ ไฉนเราจะร่วมมือกันเปิดโรงเรียนพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ให้มากแห่งยิ่งขึ้น เพื่อสนองความต้องการของเยาวชนชาวไทยได้อย่างเพียงพอ”
จึงชี้ให้เห็นว่ากิจการของศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ได้ดำเนินไปอย่างต่อเนื่องเกินความคาดหมายที่ตั้งไว้ เมื่อ พ.ศ. 2506 ศูนย์พระพุทธศาสนาวันอาทิตย์จึงได้ดำเนินกิจการเป็นทางการตามปณิธานของผู้บริหารในยุคนั้นซึ่งประกอบด้วย
1. สมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ(จวน อุฏฺฐายี) ทรงเป็นประธาน
2. พระสาสนโสภณ(เจริญ สุวฑฺฒโน) เป็นผู้อำนวยการ
3. พระเทพกวี(ประยูร สนฺตงฺกุโร) เป็นผู้จัดการ
4. อาจารย์แสง จันทร์งาม เป็นเลขานุการ
5. อาจารย์สุชีพ ปุญญานุภาพ เป็นที่ปรึกษา
เจ้าประคุณสมเด็จพระญาณวโรดม(ประยูร สนฺตงฺกุโร) ได้เล็งเห็นประโยชน์อันจะเกิดขึ้นกับเยาวชนในอนาคต จึงได้แนะนำคณะศรัทธามีคุณหญิงประกาศ สหกรณ์ เป็นหัวหน้า ให้มองเห็นความสำคัญของการเรียนสำหรับเยาวชนโดยได้ริเริ่มจัดจัดหาทุนก่อตั้งเป็นมูลนิธิส่งเสริมศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์และได้จัดแสดงละครคติธรรมทางสถานีโทรทัศน์ปีละครั้งเพื่อรับบริจาคจากท่านผู้มีจิตศรัทธาในการให้การสนับสนุนมูลนิธิฯ ได้ให้ความช่วยเหลือกิจการต่าง ๆ ของศูนย์ฯ และให้ทุนแก่นักเรียนที่ยากจนแต่เรียนดีเป็นประจำทุกปีเสมอมา ผู้ดำรงตำแหน่งประธานกรรมการกลางในยุคนั้น คือ คุณทองพับ พานิชพัฒน์ และประธานกรรมการบริหาร คือ คุณสายสนม ไชยนุวัติ
พ.ศ. 2552 ศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ ได้ถูกจัดให้เป็นหน่วยงานสายสนับสนุนของมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย สังกัดกองบริการการศึกษา สำนักงานอธิการบดี ลำดับหัวหน้าศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ตั้งแต่อดีตถึงปัจจุบันรวมทั้งสิ้น 18 รูป/คน เป็นเจ้าหน้าที่ จำนวน 3 รูป/คน ถือว่าเป็นปีที่ 58 ในการจัดตั้งศูนย์ฯ และให้มีคณะกรรมการชุดหนึ่งเรียกว่า “คณะกรรมการบริหารศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์” โดยแต่งตั้งจากอธิการบดี มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ปัจจุบันมี นางนวพร บุตรเพ็ง เป็นหัวหน้าศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์
